Singularity小抄
前言
Singularity是一种构建可复现科学计算运行环境的工具。它生成的镜像可将科学计算程序及其所依赖的库整体打包，从而实现异机可复现迁移。生成Singularity 沙箱/镜像需要root权限，但使用不需要。因此，可应用于在无管理权限的机器上构建计算运行环境。
基本概念：沙箱、镜像以及定义文件
沙箱和镜像是两种可供singularity调用的数据，并且可以相互转换，并都可以从定义文件生成。
- 沙箱的表现形式是一个目录
- 镜像的表现形式是一个文件，通常以 .simg 或者 .sif 作为扩展名
- 定义文件是一个文本文件，通常以 .def 为扩展名，包括若干section，每一个section包含不同的声明和命令，通过
singularity build命令，可以用来生成沙箱和镜像。
符号声明
以下
- 以
${SANDBOX}代表沙箱的名称 - 以
${SIMG}代表镜像的名称 - 不加区分时，则以${ENV}代表两者之一。
进入singularity shell 交互环境
singularity shell ${ENV}
不进入交互环境，而只执行某条命令
singularity exec ${ENV} ${CMD} [${ARG1} [${ARG2} [...]]]
如果发现某一个磁盘卷在交互环境和命令执行中无法访问，那是因为singularity默认只挂在最少的必要磁盘卷，应加上下列参数：
-B ${PATH_IN_HOST}:${MOUNT_POINT_IN_SINGULARITY}
例如，位于/data1上的数据无法被看到，应该执行下述命令
singularity shell -B /data1:/data ${ENV}
进入交互环境中之后，本机上/data1磁盘卷将被挂载到/data。
定义文件、沙箱、镜像之间的转换
- 可以从沙箱构建镜像
- 可以从镜像构建沙箱
- 可以从定义文件构建沙箱或者镜像
方法：
从定义文件到镜像
sudo singularity build ${SIMG} ${DEF.def}
从定义文件到沙箱
sudo singularity build --sandbox ${SANDBOX} ${DEF.def}
从沙箱到镜像
sudo singularity build ${SIMG} ${SANDBOX}
从镜像到沙箱
sudo singularity build --sandbox ${SANDBOX} ${SIMG}